Dopo aver conseguito il diploma presso l'Istituto Nautico di Camogli (Genova), nell'agosto 1928 venne ammesso a frequentare il Corso per Ufficiali di complemento e nell'ottobre 1929 conseguì la nomina a Guardiamarina. 

Imbarcò prima su Unità siluranti di superficie e nel 1931, promosso Sottotenente di Vascello, passò alle Scuole C.R.E.M. nell'incarico di insegnante. Nel 1935 ottenne il passaggio in s.p.e. e, mobilitato per le eccezionali esigenze connesse al conflitto italo-etiopico, imbarcò sul cacciatorpediniere Zeffiro. 

Nel 1937 e nel grado di Tenente di Vascello passò al comando di MAS e poi, nominato Ufficiale d'Ordinanza dell'ammiraglio Eugenio di Savoia, duca di Ancona, nel giugno 1939 organizzò una spedizione nel bassopiano orientale dell'Africa, meritandosi un encomio in riconoscimento delle sue elevate capacita organizzative. Nel giugno 1940 passò in forza alla 1a Flottiglia MAS di La Spezia ed assunse il comando e l'onere addestrativo di una Sezione speciale di Mezzi d'Assalto, composta da otto barchini esplosivi con i quali compi l'audace impresa di forzamento della Baia di Suda (Creta), che portò all'affondamento dell'incrociatore pesante inglese York. 

Nell'azione, compiuta nella notte del 26 marzo 1941, anche la petroliera Pericles da 8.324 tsl, colpita a poppa e gravemente danneggiata dall'azione congiunta di due barchini, affonderà a sud di Creta il 14 aprile durante il suo trasferimento ad Alessandria, dove avrebbe dovuto essere sottoposta a grandi lavori di riparazione. Fatto prigioniero, rimpatriò nel gennaio 1945 e nel grado di Capitano di Corvetta (conseguito in data gennaio 1944), partecipò alle ultime fasi della guerra di liberazione come Comandante in 2a di Mariassalto. Al termine del conflitto ebbe il comando prima del 6° e poi del 4° Gruppo Dragaggio e, da Capitano di Fregata, il comando della 1a Squadriglia Torpediniere. 

Promosso Capitano di Vascello nel 1956, ebbe prima il comando del Centro Subacqueo ed Incursori del Varignano (La Spezia) e quindi quello del 5° Gruppo Navale. Nel 1960 operò nell'ambito del Consiglio Superiore delle Forze Armate e, con la promozione a Contrammiraglio, nel gennaio 1963 assunse il comando del Comar di La Spezia. 

Promosso Ammiraglio di Divisione e posto in ausiliaria, ottenne la promozione ad Ammiraglio di Squadra nella riserva. Luigi Faggioni morì a Chiavari (Genova) il 23 maggio 1991.